En el marco del Programa se estudian diversas problemáticas comunes a los espacios de frontera y al contacto interétnico, abordadas desde la perspectiva metodológica de la Antropología Histórica. Entre otras investigaciones, se destacan los estudios de los procesos de etnogénesis y de reconfiguración de grupos indígenas, las dinámicas de la identidad, los mestizajes culturales, las estrategias sociales y económicas desplegadas por los grupos indígenas ante los proyectos de control colonial y las agendas misionales de las órdenes religiosas, las diversas acciones políticas de sus líderes y caciques, el surgimiento de intermediarios culturales entre las sociedades indígenas y los sectores coloniales, los movimientos territoriales, los distintos tipos de alianzas establecidas con los funcionarios de la colonia, los usos y percepciones de la territorialidad y el paisaje por parte de los grupos indígenas y de los agentes coloniales, los discursos acerca de los pueblos indígenas desde el momento colonial hasta el de los estudios académicos.

PERIPLOS constituye un espacio académico que promueve tanto la discusión y el intercambio intelectual entre sus miembros como con otros equipos y Programas de Investigación dedicados al estudio de temáticas afines en áreas vecinas del continente americano. Asimismo, brinda un ámbito de trabajo en equipo orientado a la formación de recursos humanos, facilitando las actividades académicas de becarios y tesistas de posgrado e incorporando a los proyectos a estudiantes universitarios que se interesen por iniciarse en la investigación.